因應疫情，全國停止到校上課延長至6月28日，臺東大學提供延長離宿服務，針對已返鄉的住宿生，行李暫放原寢，不須返校拿取；因故需離宿者，於6月12至27日，開放家長車輛進入校園，管制車輛停放位置並限15分鐘。

臺東大學表示，學校因應疫情隨時滾動調整防疫措施，健康事務組每日調查學生、教職員、外包廠商、餐廳業者等相關人員，是否被匡列為居家隔離、居家檢疫、自我健康管理，並彙整回報教育部。

若有自嚴重疫區返校或染疫疑慮的學生，由學務處統一規劃，安排隔離宿舍於知本校區二宿1樓，進行自主隔離，並由健康事務組護理師每日關懷了解狀況；教師部分則是自主管理2週，以確保師生安全，避免相互感染疑慮。

臺東大學目前在籍學生共4703人，外縣市學生3888人，佔人數8成以上，許多人擔心外縣市學生的返鄉移動，恐成防疫破口，校方呼籲師生「律己」，在防疫期間不輕易移動。