本校預算財務運作，原同一般行政機關係採行公務預算制度，有關財務收支悉數納入國庫統收統支系統，經費使用限制較多且乏彈性。惟自88下半年及89年度起，配合教育部「國立大學校院校務基金」之實施，採行附屬單位預算制度，除得自籌部分財源，亦能鼓勵社會資源投入教育，減輕政府財政負擔，靈活基金運作，使校務更能有效推展且永續經營。

近年來為配合知本校區遷校計畫，校務基金現金淨流出數大幅增加，如何調配管控，並同時支援校務及時需求乃成本室重大工作，茲就本校近5年現金調控及結存情形說明如下：

1. 知本校區第二期建築工程，於98年開始規劃興建，包括圖書暨資訊大樓、學生活動中心及綜合體育館、師範學院、理工學院、第二學生宿舍及餐飲中心，總工程經費20.8億元，其中教育部補助14.9億元，自籌經費計5.9億元(包含第二學生宿舍4.5億元)，另配合搬遷之校園規劃經費本校自籌2.5億元，故本校自籌經費合計8.4億元。
2. 本校99年決算現金結存數10.7億元，至103年決算現金結存數0.2億元，100年至103年間現金減少數10.5億元。
3. 100年至103年間上揭第二期建築工程款及配合搬遷之校園規劃經費支出21.5億元，其中教育部補助工程款6.7億元、本校代墊教育部補助工程款8.2億元，本校自籌經費支出6.6億元。

由上述資料可知，100年至103年間本校代墊教育部補助工程款未回補數計8.2億元，自籌經費支出6.6億元，合計14.8億元，已較現金減少數10.5億元增加4.3億元，若再加計墊付103年第2期退休公務人員月退休金及月退撫金等0.2億元，則現金實際增加數約為4.5億元。

另查本校累計至103年先行墊付教育部補助四大工程款計10億元，經學校努力向教育部爭取，獲同意分別於103年回補1.8億元，104年回補3.6億元，105年預計回補4.5億元，尚餘0.1億元另於以後年度回補。104年3月教育部回補之代墊工程款3.6億元，適時運用於本校於6月間依仲裁決議購回BOT學生宿舍暨餐飲中心價款約3億元，今年上半年結算現金結存數2.2億元，扣除資金調度短期借款0.9億元，實際結存數1.3億元，如下半年各項工程如期完工付款，則現金淨支出約1億元，年底之現金結存數約0.3億元。105年教育部同意回補4.5億元到位，則學校近年來之財務資金壓力應可緩解。

本校知本校區整體遷校計畫之完成，其中第二期遷校工程自籌經費8.4億元，購回BOT學生宿舍暨餐飲中心價款3億元，合計11.4億元，得以由校務基金全數支應，乃因學校實施校務基金制度後，在歷任校長及全體師生同仁開源節流共同努力下所獲之成果。回顧這5年，前任蔡校長典謨的節約成果及努力爭取經費，現任劉校長金源堅持依預算執行之原則及協調爭取各項可能資源、教育部工程款之代墊回補、校務基金現金實質增加等因素均發揮了關鍵之作用。搬遷至知本校區後，校園面積為臺東校區之數倍，另為持續增進改善各項教學設備，提供優質學習環境，營運及維護成本相對增加，此仍有賴全校師生同仁賡續開源節流各項措施，以期增加各項收入，撙節支出，方能因應少子化衝擊，以達學校永續經營目標。